পেগো ইউটিউব ডাউনলোডারের ব্যবহার করার সময়ে ব্যবহারকারীরা একই সাথে বহু ভিডিও ডাউনলোড পরিচালনা করার সমস্যায় পড়ে। যখন একই সময়ে বহু ডাউনলোড শুরু হয়, তখন এ ধরনের সমস্যা সৃষ্টি হয়। ইহা দীর্ঘ অপেক্ষা সৃষ্টি করতে, সিস্টেমের গতি ধীর করতে এবং সম্ভাবনা সমূহ নিচ্ছে ফাইলগুলি ত্রুটি সহকারে ডাউনলোড করাতে পারে। তাছাড়া, ডাউনলোড করা ভিডিওগুলির সংগঠন এবং সাজানো খুব সময় নেয় এবং বিভ্রান্তিপ্রদ হতে পারে, বিশেষ করে যখন বড় সংখ্যক ফাইল নিয়ে বিষয়টি আলোচনা করা হয়। অতএব, এই সমস্যা পেগো ইউটিউব ডাউনলোডারের ব্যবহারযোগ্যতা এবং কার্যক্ষমতা সীমিত করে।

পেগগো ইউটিউব ডাউনলোডার দ্বারা একসাথে বহু ভিডিও ডাউনলোড এবং পরিচালনা করার সমস্যাটি সমাধানের জন্য, এই টুলটি এক ধরনের ডাউনলোড ম্যানেজার অন্তর্ভুক্ত করতে পারে। এই ফাংশনটি তারিখ, ফাইলের আকার বা ভিডিওর মান হিসাবে বিভিন্ন মাপদণ্ড অনুসারে ডাউনলোড করা ফাইলগুলি স্বয়ংক্রিয়ভাবে সাজানো এবং পরিচালনা করতে পারে, যাতে ব্যবহারকারীদের ম্যানুয়ালি সংগঠন করতে হবে না। তাছাড়া, ডাউনলোড ম্যানেজারটি ডাউনলোড গতি অনুকূলিত করতে এবং একই সময়ে চলমান ভিডিও ডাউনলোডগুলির নিয়ন্ত্রণ করতে পারে যাতে সিস্টেম ধীর হবে না। একাধিক ডাউনলোডের জন্য একটি অপেক্ষার সূচি তৈরি করা যেতে পারে, যা সিস্টেমের পারফরম্যান্স বজায় রাখতে এবং একই সময়ে নিশ্চিত করতে সহায়তা করে যে সমস্ত ফাইলগুলিই সফলভাবে এবং ভাল মানে ডাউনলোড করা হচ্ছে।