הבעיה המרכזית בנושא שימוש בכלי ההמרה מ-PDF ל-ODP היא הפגיעה האפשרית בנתונים והחסר בהגנת נתונים. ייתכן שהמשתמש יהיה מודאג מפני שהמסמכים החשאיים שלו ב-PDF מועברים ומאוחסנים בענן ציבורי בעת העלאתם להמרה, וייתכן שהם יהיו נגישים לצדדים שלישיים. אף שהכלי מציין שהקבצים שהועלו יימחקו אוטומטית לאחר תקופה מסויימת, הסיכון נותר. לכן, חיוני ליישם אמצעי הגנת נתונים יעילים, על מנת לאבטח את אמון המשתמשים ולשמר את שלמות הנתונים שלהם. כמו כן, חשוב להודיע למשתמשים באופן מספק על האמצעים הללו, על מנת למזער את דאגתם בנושא הגנת הנתונים.

כלי ההמרה מ-PDF ל-ODP מתייחש לפרטיות ולביטחון המשתמשים ומיישם יישומים מחמירים כדי להבטיח שמירת דיני המשמעת. כל מסמכי ה-PDF שהועלו נשמרים בשרתים מאובטחים בענן ומיד לאחר ההמרה נמחקים. לא נוצרה עותק של המידע והוא לא נגיש לצידים שלישיים בשום שלב. ההצפנה החזקה ב-SSL במהלך ההעלאה וההורדה מעניקה ביטחון נוסף על ידי הגנה על המידע במהלך ההעברה. הגדרות חומת אש מובנות מונעות גישה לא מורשית לשרתים. כך הכלי מבטיח את ההגנה על מסמכיך החשאיים במהלך תהליך ההמרה. מידע מקיף ניתן בנוגע לכל תהליכי הפרטיות כדי להסיר חששות של המשתמשים ולהבטיח אמון מלא בכלי.