पेगो यूट्यूब डाउनलोडर का उपयोग करने वाले उपयोगकर्ताओं का सामना इस समस्या से होता है कि वे डाउनलोड की गई वीडियो को अपने उपकरण के किसी विशेष स्थान पर सहेजने का कोई विकल्प नहीं पा सकते। वीडियो डाउनलोड करने के बाद, यह लगता है कि यह उपकरण पर किसी यादृच्छिक स्थान पर सहेजा गया है, जिससे भ्रम उत्पन्न होता है और फ़ाइल को ढूँढ़ना मुश्किल हो जाता है। सॉफ़्टवेयर में स्थान का चयन करने के लिए स्पष्ट सेटिंग्स या विकल्पों की कमी से और असुविधा होती है। इस टूल के मिनिमलिस्ट डिजाइन के बावजूद अगर आप नियमित रूप से यूट्यूब का उपयोग करते हैं, तो यह बहुत परेशान करता है। यह समस्या पेगो यूट्यूब डाउनलोडर द्वारा प्रदान किए जाने वाले अन्यथा उपयोगकर्ता अनुकूल अनुभव और विविधता को नकारात्मक रूप से प्रभावित करती है।

डाउनलोड की गई वीडियो के अनिश्चित स्टोरेज की समस्या को दूर करने के लिए, पेगो यूट्यूब डाउनलोडर के विकासकर्ता एक संग्रहण स्थान चुनने का फ़ंक्शन डाल सकते हैं। यह या तो प्रत्येक डाउनलोड से पहले चुना जा सकता है या एक स्थायी सेटिंग द्वारा निर्धारित किया जा सकता है। इस प्रकार, वीडियो को एक वांछित स्थान पर बिना किसी समस्या के स्थापित किया जा सकता है, जिससे खोजना बहुत आसान हो जाएगा और टूल की सुविधा बहुत बढ़ जाएगी।