Uporabnik je zaskrbljen glede varstva podatkov pri uporabi takšne spletne storitve za pretvorbo dokumentov v PDF. Te skrbi bi lahko izhajale iz strahu, da bi med postopkom pretvorbe orodje lahko omogočilo dostop do občutljivih informacij ali jih lahko posredovalo. Tudi če orodje zagotavlja zasebnost dokumentov, uporabniku morda manjka razumevanje tehničnih vidikov, ki podpirajo to zagotovilo. Tako je izziv razložiti uporabnikom, kako orodje deluje, pri tem pa posebno pozornost posvetiti varnostnim ukrepom, ki se uporabljajo za zaščito zaupnosti njihovih podatkov. To je potrebno, da bi okrepili zaupanje uporabnikov v orodje in jim dali zanesljivost, da so njihovi podatki med celotnim postopkom pretvorbe varni.

PDF pretvornik s svojim vrhunskim varnostnim sistemom zagotavlja, da med postopkom pretvorbe ne bodo dostopni ali deljeni nobeni podatki. Uporablja napredne tehnike šifriranja, da prepreči neupravičen dostop do dokumentov. Poleg tega se naložene datoteke po določenem času samodejno izbrišejo, da se zagotovi kar največja zaščita podatkov. Gre tudi za samostojno orodje, tj. ni potrebno shranjevanje podatkov na strežnikih storitve. Ti varnostni mehanizmi stalno preverjajo in posodabljajo, da zagotovijo skladnost z veljavnimi predpisi o varstvu podatkov. poleg tega je vsak korak postopka pretvorbe natančno razložen, da se uporabnikom ponudi največja preglednost in jim tako okrepi zaupanje v orodje. Zato je pretvornik PDF najvarnejša izbira za vse, ki želijo svoje dokumente brez težav in brez skrbi pretvoriti v PDF.