Les preocupacions respecte a la privacitat en l'ús d'eines de fusió de PDF en línia poden ser diverses. Podria sentir-se insegur si carrega informació sensible o documents confidencials en una plataforma web, per por que aquests puguin caure en mans equivocades. També podrien haver-hi preocupacions que els fitxers carregats no siguin eliminats a temps o completament dels servidors del proveïdor. A més, es podria preocupar per possibles fallades de seguretat que podrien fer que els documents siguin interceptats durant el procés de transmissió. Finalment, també es podria tenir preocupacions que la privacitat no estigui prou garantida si l'eina no requereix registre o instal·lació.

L'eina Merge PDF de PDF24 ofereix mesures de seguretat exhaustives per garantir la privacitat i la protecció de dades. D'una banda, el fitxer carregat només es conserva durant el període de fusió i després s'elimina immediatament del servidor. D'altra banda, l'eina no requereix cap registre o instal·lació, la qual cosa fa que les vostres dades personals estiguin completament protegides. Els protocols de seguretat al màxim nivell garanteixen que els vostres fitxers no puguin ser interceptats o recuperats durant la transmissió. Finalment, el programari en línia garanteix que el document fusionat mantingui la mateixa alta qualitat que els PDF individuals. Per tant, aquesta eina ofereix una manera segura i senzilla de fusionar diversos fitxers PDF en un sol document. L'eina està disponible per a tots els navegadors web comuns i és fàcil d'utilitzar per garantir la màxima accessibilitat i facilitat d'ús.