Encara que Pinterest és una eina útil per recollir inspiració i organitzar idees, de vegades pot ser un repte gestionar eficaçment els continguts desats. Alguns usuaris tenen dificultats per categoritzar significativament els seus pins, cosa que pot esdevenir confusa amb un nombre creixent de pins. A més a més, pot ser difícil trobar pins específics quan estan emmagatzemats en una gran col·lecció. D'altra banda, l'organització de continguts a Pinterest pot ser laboriosa, sobretot si ha de ser feta de forma regular. Aquests factors poden provocar frustració i afectar l'experiència de l'usuari.

Pinterest ofereix funcions com les "seccions del tauler", que permeten als usuaris organitzar els seus pins en subcategories, donant lloc a una millor visibilitat. La funció de cerca s'està millorant constantment i permet cercar dins dels pins guardats per contingut específic. Amb la funció "arrossegar i deixar anar" es facilita i accelera el moviment i l'organització de pins, el que fa més eficient la gestió de grans col·leccions. A més, els pins programats ofereixen l'avantatge que es pot establir amb antelació la freqüència i el moment de publicació, la qual cosa redueix el temps necessari per a la gestió del compte.