Проблематиката се отнася до опасенията относно защитата на личните данни при използване на онлайн инструменти за сътрудничество. Главният въпрос е до каква степен личните и поверителни информации са защитени по време на онлайн взаимодействията на платформата. Тъй като Join.me се използва за сътрудничество и комуникация на глобално ниво, има опасения, че поверителни данни могат да попаднат в грешни ръце. Затова потребителите искат да са сигурни, че информацията им се управлява и предава безопасно, за да гарантират както своята лична неприкосновеност, така и сигурността на своята интелектуална собственост. Някои потребители може да нямат достатъчно технически познания, за да разберат и използват напълно функциите за защита на личните данни на инструмента.

Join.me отнася сериозно въпросите за защита на данните и гарантира, че всички трансфери са криптирани, за да се предотврати непозволен достъп. Стандартно активираната сигурна край-до-край криптиране гарантира защитата на конфиденциални данни по време на онлайн комуникации. Ясната политика за защита на данните предоставя обширна информация за събирането, използването и споделянето на данни. Потребителският интерфейс е интуитивно дизайниран, така че дори потребителите с малко технически умения да могат да използват инструмента ефективно и сигурно. Освен това има детайлни ръководства и поддръжка на клиенти, които да помогнат на потребителите да се ориентират във всички функции на Join.me, включително и в настройките за защита на данните. В крайна сметка, сигурността на потребителите е на първо място за Join.me, с цел да се гарантира надеждната защита на личната информация и интелектуалната собственост.