La problemàtica sorgeix pel que fa a preocupacions sobre la protecció de dades en l'ús d'eines de col·laboració en línia. En particular, la qüestió principal és fins a quin punt la informació personal i confidencial està protegida durant les interaccions en línia a la plataforma. Com que Join.me s'utilitza per a la col·laboració i comunicació a nivell global, hi ha la preocupació que les dades confidencials podrien acabar en mans equivocades. Per tant, els usuaris volen estar segurs que la seva informació es gestiona i transmet de forma segura per garantir tant la seva privadesa com la seguretat de la seva propietat intel·lectual. Alguns usuaris també podrien tenir insuficients coneixements tècnics per comprendre i utilitzar plenament les funcions de protecció de dades de l'eina.

Join.me pren seriosament les preocupacions sobre la privacitat i es garanteix que totes les transmissions estan encriptades per evitar l'entrada de persones no autoritzades. Una segura encriptació de final a final està activada per defecte per garantir la protecció de les dades confidencials durant les comunicacions en línia. Una política de privacitat clara proporciona informació completa sobre la recollida, l'ús i la compartició de dades. La interfície d'usuari està dissenyada de manera intuitiva, de manera que fins i tot els usuaris amb pocs coneixements tècnics poden utilitzar l'eina de manera efectiva i segura. A més, hi ha instruccions detallades i suport al client per guiar els usuaris a través de totes les funcions de Join.me, incloent els ajustos de privacitat. En última instància, la seguretat dels usuaris de Join.me és la prioritat, per garantir una protecció robusta de la privacitat i de la propietat intel·lectual.