Проблематиката се отнася до загриженостите за защита на данните, които произтичат от използването на онлайн инструменти за конвертиране на PDF файлове в PDFA формат. От особена важност е, когато трябва да се качват и конвертират конфиденциални документи, тъй като те временно се съхраняват на външен сървър. Съществува риск неоторизирани трети страни да получат достъп до тези файлове. Освен това процесите по изтриване на данни след конвертиране не винаги са прозрачни и съществува несигурност дали данните са изцяло премахнати. Накрая, съществува и тревога, че личните данни, които се събират по време на използване на инструментите, могат да бъдат използвани от доставчиците за други цели или да бъдат споделени.

Инструментът за преобразуване от PDF в PDFA отговаря на тези опасения относно защитата на данните чрез имплементиране на строги мерки за сигурност. ТОй използва сигурна връзка (HTTPS) за качване на файлове и изтегляне, което предотвратява всякакъв външен достъп до файловете. След приключване на процеса на преобразуване, всички качени файлове автоматично и безвъзвратно се изтриват от сървъра. Тези операции по изтриване са ясно дефинирани и прозрачни, което дава на потребителите увереност, че няма да останат никакви данни. Освен това, инструментът не събира лични данни от потребителите по време на употребата му и не предава информация на трети стаби. По този начин се гарантира сигурна, доверена и частна употреба.