Problema se referă la preocupările legate de protecția datelor, care decurg din utilizarea instrumentelor online pentru conversia fișierelor PDF în formatul PDFA. Devine deosebit de delicată atunci când trebuie încărcate și convertite documente confidențiale, deoarece acestea sunt stocate temporar pe un server extern. Există un risc ca persoane neautorizate să aibă acces la aceste fișiere. În plus, procesele de ștergere a datelor după conversie nu sunt întotdeauna transparente și există incertitudini cu privire la eliminarea completă a datelor. În final, există și îngrijorarea că datele personale, colectate în timpul utilizării instrumentului, ar putea fi utilizate sau distribuite de către furnizori în alte scopuri.

Instrumentul de conversie PDF în PDFA abordează aceste preocupări cu privire la confidențialitate prin implementarea unor măsuri de securitate stricte. Acesta utilizează o conexiune sigură (HTTPS) pentru încărcarea și descărcarea fișierelor, ceea ce împiedică orice acces extern la fișiere. După finalizarea procesului de conversie, toate fișierele încărcate sunt șterse automat și irevocabil de pe server. Aceste operațiuni de ștergere sunt clar definite și transparente, oferind utilizatorilor certitudinea că nu rămân date. În plus, instrumentul nu colectează date personale ale utilizatorilor în timpul utilizării sale și nu transmite informații către terțe părți. Prin urmare, este asigurată o utilizare sigură, de încredere și privată.