Il-problema jirreferi għall-preokkupazzjonijiet dwar il-privatezza li jirriżultaw mill-użu ta' għodod online għall-konverżjoni ta' fajls PDF għall-format PDFA. Sitwazzjoni partikolarment delicata hija meta dokumenti konfidenzjali jkunu mħtieġa li jiġu ttellgħin u konvertiti, peress li dawn jiġu ħażina temporanjament fuq server estern. Ħemm riskju li terzi mhux awtorizzati jistgħu jkollhom aċċess għal dawn il-fajls. Barra minn hekk, il-proċessi ta' tħassir tad-data wara l-konverżjoni mhumiex dejjem trasparenti u hemm inkertezza jekk id-data tħassar verament kollha. Finalment, hemm ukoll il-preokkupazzjoni li d-data personali li jiġu miġbura waqt l-użu tal-għodda jistgħu jintużaw jew jiġu mibgħuta mill-fornituri għal skopijiet oħra.

L-għodda ta' konverżjoni minn PDF għal PDFA tindirizza dawn il-preokkupazzjonijiet dwar il-privatezza permezz tal-implimentazzjoni ta' miżuri rigoruzzi ta' sigurtà. Din tuża konnessjoni sigura (HTTPS) għall-upload u t-tneħħija tal-fajls, li tippromwova l-prevenzjoni ta' aċċess estern għall-fajls. Wara li l-proċess ta' konverżjoni jintemm, il-fajls kollha li ġew imtella' jiġu awtomatikament u b'mod irevokabbli mħassra mis-server. Dawn l-operazzjonijiet ta' tneħħija huma ċari u trasparenti, li jagħtu lill-utenti ċertezza li ma jibqgħux data. Barra minn hekk, l-għodda ma tieħu ebda data personali tal-utenti matul l-użu tagħha u ma tagħti l-ebda informazzjoni lill-partijiet terzi. B'dan il-mod, tintassal użu sigur, affidabbli u privat.