Problematika se odnosi na zabrinutost u vezi s privatnosti koja proizlazi iz korištenja online alata za konvertovanje PDF datoteka u PDFA format. Posebno je osjetljivo kada se moraju otpremiti i konvertovati povjerljivi dokumenti, jer se oni privremeno pohranjuju na vanjskom serveru. Postoji rizik da neovlašteni treći mogu pristupiti tim datotekama. Također, procesi brisanja podataka nakon konverzije nisu uvijek transparentni i postoji nesigurnost da li su podaci stvarno potpuno uklonjeni. Konačno, postoji i briga da bi lični podaci koji se prikupljaju tokom korištenja alata mogli biti iskorišteni od strane pružatelja usluga za druge svrhe ili proslijeđeni dalje.

Alat za konverziju PDF u PDFA adresira ove brige o privatnosti putem implementacije strogih mjera sigurnosti. Koristi sigurnu vezu (HTTPS) za upload i download datoteka, što sprječava bilo kakav spoljni pristup datotekama. Nakon završetka procesa konverzije, sve uploadovane datoteke se automatski i nepovratno brišu sa servera. Ovi procesi brisanja su jasno definisani i transparentni, što korisnicima pruža uvjerenje da nema preostalih podataka. Osim toga, alat ne prikuplja lične podatke korisnika tokom njegove upotrebe i ne daje informacije trećoj strani. Tako se osigurava sigurna, pouzdana i privatna upotreba.