Permasalahan ini merujuk kepada kebimbangan privasi data yang timbul dari penggunaan alat dalam talian untuk menukarkan fail PDF ke format PDFA. Ia menjadi sangat sensitif apabila dokumen rahsia perlu dimuat naik dan ditukar, kerana fail ini disimpan sementara pada server luar. Adanya risiko yang ketiga yang tidak berkebenaran boleh mendapatkan akses ke fail tersebut. Selain itu, proses penghapusan data selepas penukaran tidak selalu telus dan ada ketidakpastian sama ada data benar-benar dipadam sepenuhnya. Akhir sekali, ada juga kebimbangan bahawa data peribadi yang dikumpul semasa menggunakan alat ini boleh digunakan oleh pemberi untuk tujuan lain atau mungkin dipindahkan.

Alat konversi PDF ke PDFA ini melayani kebimbangan privasi melalui pelaksanaan langkah-langkah keselamatan yang ketat. Ia menggunakan sambungan selamat (HTTPS) untuk muat naik dan muat turun fail, yang mencegah sebarang akses luaran ke fail. Selepas proses konversi selesai, semua fail yang dimuat naik akan dipadam secara otomatik dan tidak dapat dipulihkan dari pelayan. Operasi penghapusan ini didefinisikan dengan jelas dan telus, memberikan keyakinan kepada pengguna bahawa tiada data yang ditinggalkan. Selain itu, alat ini tidak mengumpul data peribadi pengguna semasa penggunaannya dan tidak memberikan maklumat kepada pihak ketiga. Dengan ini, penggunaan yang selamat, dapat dipercayai dan peribadi dijamin.