Проблематиката се однесува на прашањата поврзани со заштита на личните податоци, кои настануваат од користењето на онлајн алатки за конверзија на PDF-датотеки во PDFA-формат. Особено е деликатно кога треба да се прикачат и конвертираат поверителни документи, бидејќи тие привремено се складирани на екстерен сервер. Постои ризик дека неовластени трети лица можат да добијат пристап до овие датотеки. Покрај тоа, процесите на бришење на податоците по конверзијата не се секогаш транспарентни и постои несигурност дали податоците навистина полно се отстрануваат. Конечно, постои и загриженост дека личните податоци, кои се собрани за време на користење на алатките, можат да бидат искористени или споделени од страна на производителите за други цели.

Алатката за конверзија од PDF во PDFA се обидува да ги реши овие прашања поврзани со приватноста преку имплементација на строги безбедносни мерки. Истиот користи сигурна врска (HTTPS) за поставување и преземање на документи, што спречува било каков надворешен пристап до датотеките. По завршување на процесот на конверзија, сите поставени датотеки автоматски и неповратно се бришат од серверот. Овие операции за бришење се јасно дефинирани и транспарентни, што им дава на корисниците уверување дека не остануваат податоци. Дополнително, алатката не собира лични податоци од корисниците во текот на нејзиното користење и не дава информации на трети лица. Со ова, се обезбедува сигурно, доверливо и приватно користење.