Проблема стосується побоювань щодо захисту даних, які виникають з використання онлайн-інструментів для конвертації файлів PDF у формат PDFA. Особливо деликатною ситуація стає, коли потрібно завантажувати та конвертувати конфіденційні документи, оскільки вони тимчасово зберігаються на зовнішньому сервері. Існує ризик, що недозволеним третім особам може вдасться отримати доступ до цих файлів. Більше того, процеси видалення даних після конвертації не завжди прозорі, і є невизначеність, чи дійсно дані повністю видаляються. Нарешті, існує також стурбованість, що особисті дані, які збираються під час використання інструменту, можуть бути використані або розповсюджені постачальниками для інших цілей.

Інструмент конвертації PDF в PDFA враховує ці питання конфіденційності шляхом впровадження строгих заходів безпеки. Він використовує безпечне з'єднання (HTTPS) для завантаження й використання файлів, що перешкоджає будь-який зовнішній доступ до файлів. Після завершення процесу конвертації всі завантажені файли автоматично та безповоротно видаляються з сервера. Ці процедури видалення чітко визначені та прозорі, що надає користувачам впевненість, що жодні дані не залишаються. Крім того, інструмент не збирає особисті дані користувачів під час його використання та не передає інформацію третім особам. Таким чином гарантується безпечне, надійне та приватне використання.