Sorun, PDF dosyalarını PDFA formatına dönüştürmek için çevrimiçi araçların kullanımından kaynaklanan gizlilik endişeleriyle ilgilidir. Özellikle, gizli belgelerin yüklenip dönüştürülmesi gerektiğinde durum hassaslaşır, çünkü bu belgeler geçici olarak bir dış sunucuda saklanır. Yetkisiz üçüncü şahısların bu dosyalara erişim sağlama riski vardır. Ayrıca, dönüştürme işleminden sonra veri silme süreçleri her zaman şeffaf olmayabilir ve verilerin gerçekten tamamen kaldırılıp kaldırılmadığı konusunda belirsizlik vardır. Son olarak, aracın kullanımı sırasında toplanan kişisel verilerin hizmet sağlayıcılar tarafından başka amaçlar için kullanılabileceği veya paylaşılabileceği konusunda endişeler de vardır.

PDF'den PDFA'ya dönüştürme aracı, katı güvenlik önlemleri uygulayarak bu gizlilik endişelerine yanıt verir. Dosya yüklemesi ve indirmesi için güvenli bir bağlantı (HTTPS) kullanır, bu tüm dış erişimi dosyalara engeller. Dönüştürme işlemi tamamlandıktan sonra, tüm yüklenen dosyalar otomatik ve geri alınamaz bir şekilde sunucudan silinir. Bu silme işlemleri net bir şekilde tanımlanmış ve şeffaftır, bu da kullanıcılara hiçbir verinin geride kalmayacağını garantiler. Ayrıca, araç kullanımı sırasında kullanıcıların kişisel verilerini toplamaz ve hiçbir bilgiyi üçüncü taraflarla paylaşmaz. Böylece, güvenli, güvenilir ve özel bir kullanım sağlanmış olur.