Problem zadeva pomisleke glede varstva podatkov, ki izhajajo iz uporabe spletnih orodij za pretvorbo PDF datotek v format PDFA. Še posebej občutljivo je, kadar je treba naložiti in pretvoriti zaupne dokumente, saj se ti začasno shranijo na zunanjem strežniku. Obstaja tveganje, da bi nepooblaščene tretje osebe lahko dostopale do teh datotek. Poleg tega postopki brisanja podatkov po pretvorbi niso vedno pregledni in obstaja negotovost, ali so podatki resnično popolnoma odstranjeni. Nazadnje obstaja tudi zaskrbljenost, da bi lahko ponudniki uporabljali ali razkrivali osebne podatke, zbrane med uporabo orodja, za druge namene.

Pretvornik iz PDF v PDFA naslavlja te skrbi glede zasebnosti z izvajanjem strogih varnostnih ukrepov. Uporablja varno povezavo (HTTPS) za nalaganje in prenos datotek, kar preprečuje kakršen koli zunanji dostop do datotek. Po zaključku postopka pretvorbe se vse naložene datotek avtomatsko in nepreklicno izbrišejo s strežnika. Ti postopki brisanja so jasno opredeljeni in transparentni, kar uporabnikom zagotavlja zagotovilo, da ne ostanejo nobeni podatki. Poleg tega orodje med njegovo uporabo ne zbiranje osebnih podatkov uporabnikov in ne posreduje informacij tretjim osebam. Tako je zagotovljena varna, zanesljiva in zasebna uporaba.