הבעיה מתייחסת להבעות פרטיות הנובעות מהשימוש בכלים מקוונים להמרת קבצי PDF לפורמט PDFA. זה מסוכן במיוחד כאשר מסמכים מסוימים נטענים ומומרים, שכן הם מאוחסנים זמנית בשרת חיצוני. קיימת סיכון שגורמים בלתי מורשים יוכלו לגשת לקבצים אלה. כמו כן, תהליכי מחיקת נתונים לאחר ההמרה אינם תמיד שקופים וקיימת חשש כי הנתונים לא מוסרים באופן מלא. לבסוף, קיימת חשש שמידע אישי שנאסף במהלך השימוש בכלי יכול להינצל על ידי הספקים למטרות אחרות או להימסר לאחרים.

כלי ההמרה של PDF ל- PDFA מטפל בדאגות אלו של הפרטיות על ידי מימוש של אמצעי האבטחה החמורים. הוא משתמש בחיבור מאובטח (HTTPS) להעלאה ולהורדה של קבצים, מה שמנע כל גישה חיצונית לקבצים. לאחר תהליך ההמרה, כל הקבצים שהועלו מומחקים באופן אוטומטי ובלתי הפיך מהשרת. אלה מחיקות מוגדרות במידה ברורה ושקופה, דבר שנותן למשתמשים ביטחון שלא נשארים שום נתונים. בנוסף, הכלי לא מגביר נתונים אישיים של המשתמשים במהלך השימוש שלו ולא מעביר מידע לגורמים שלישיים. כך, השימוש המאובטח, אמין ופרטי מובטח.