Opisana problematyka dotyczy obaw dotyczących ochrony danych wynikających z korzystania z narzędzi online do konwersji plików PDF w formacie PDFA. Szczególnie delikatny staje się ten temat, kiedy trzeba przesyłać i konwertować poufne dokumenty, które są tymczasowo przechowywane na zewnętrznym serwerze. Istnieje ryzyko, że nieuprawnione osoby trzecie mogłyby uzyskać dostęp do tych plików. Ponadto procesy usuwania danych po konwersji nie są zawsze transparentne i istnieje niepewność, czy dane są naprawdę całkowicie usuwane. Na koniec istnieje także obawa, że dane osobowe zbierane podczas korzystania z narzędzi mogłyby być wykorzystywane przez dostawców do innych celów lub mogłyby być udostępniane.

Narzędzie do konwersji PDF do PDFA adresuje te obawy dotyczące prywatności poprzez wdrożenie surowych środków bezpieczeństwa. Wykorzystuje bezpieczne połączenie (HTTPS) do przesyłania plików i ich pobierania, co uniemożliwia jakikolwiek zewnętrzny dostęp do plików. Po zakończeniu procesu konwersji wszystkie przesłane pliki są automatycznie i bezpowrotnie usuwane z serwera. Te operacje usuwania są jasno określone i transparentne, co daje użytkownikom pewność, że żadne dane nie pozostaną. Ponadto narzędzie nie zbiera żadnych danych osobowych użytkowników podczas jego korzystania i nie przekazuje żadnych informacji osobowych osobom trzecim. Tym samym gwarantowana jest bezpieczna, godna zaufania i prywatna korzystanie.