Problem se odnosi na zabrinutost u vezi sa zaštitom podataka koja proizlazi iz upotrebe online alata za konverziju PDF datoteka u PDFA format. Posebno je osetljivo kada se moraju otpremiti i konvertovati poverljivi dokumenti, jer se oni privremeno skladište na eksternom serveru. Postoji rizik da neovlašćene treće strane mogu dobiti pristup tim datotekama. Takođe, procesi brisanja podataka nakon konverzije nisu uvek transparentni i postoji nesigurnost da li su podaci zaista potpuno uklonjeni. Na kraju, postoji i zabrinutost da bi lični podaci prikupljeni tokom upotrebe alata mogli biti iskorišćeni od strane pružatelja usluga za druge svrhe ili mogli biti prosleđeni.

Alat za konvertovanje PDF u PDFA format se bavi ovim pitanjima privatnosti implementacijom strogih mera bezbednosti. Koristi sigurnu vezu (HTTPS) za otpremanje i preuzimanje datoteka, što sprečava bilo kakav spoljni pristup datotekama. Nakon što se proces konvertovanja završi, sve otpremljene datoteke se automatski i nepovratno brišu sa servera. Ovi postupci brisanja su jasno definisani i transparentni, što korisnicima pruža sigurnost da nema preostalih podataka. Osim toga, alat ne prikuplja lične podatke korisnika tokom njegove upotrebe i ne prosleđuje informacije trećim stranama. Time se obezbeđuje sigurna, pouzdana i privatna upotreba.