Vandamál er knýtt við áhyggjur um persónuvernd sem stafa frá notkun netverkfæra til að breyta PDF-skjölum í PDFA-snitt. Sérstaklega næm verða málanna þegar það verður að hlaða upp og umbreyta trúnaðarskjölum, því þau eru geymd tímabundið á utanaðkomandi þjóni. Það er hætta á að óheimilan aðili fái aðgang að þessum skrám. Auk þess eru dataeyðsluferlar eftir umbreytinguna ekki alltaf gagnsæir og ríkir óvissa um hvort gögnin eru í raun og veru alveg eydd. Loks eru þær áhyggjur að persónuupplýsingar sem safnað er í notkun tólanna, kunni aðilarnir að nota í öðrum tilgangi eða láta öðrum í té.

PDF í PDFA breytiforritið mætir þessum gagnafríðunaráhyggjum með því að innleiða strangar öryggisráðstafanir. Það notast við örugga tengingu (HTTPS) fyrir upplýsingaflutning og niðurhal, sem hindrar aðilar utan frá að komast að skránum. Þegar breytiferlinu er lokið eru allar upphlaðnar skrár sjálfkrafa og endanlega eyddar af netþjóninum. Þessi eyðingar eru skilgreindar nákvæmlega og eru opinskátt, sem gefur notendum viss um að engin gögn standi eftir. Að auki safnar forritið engum persónuupplýsingum um notendur á meðan það er notað og sendir ekki upplýsingar til þriðja aðila. Þannig er tryggð örugg, áreiðanleg og einkaleyfisleg notkun.