Vấn đề được đặt ra liên quan đến những mối lo ngại về bảo mật thông tin phát sinh từ việc sử dụng các công cụ trực tuyến để chuyển đổi tập tin PDF sang định dạng PDFA. Điều này trở nên cực kỳ nhạy cảm khi cần tải lên và chuyển đổi các tài liệu bí mật, vì chúng tạm thời được lưu trữ trên một máy chủ bên ngoài. Có rủi ro là những người không có quyền có thể truy cập vào những tập tin này. Hơn thế nữa, các quy trình xóa dữ liệu sau quá trình chuyển đổi không phải lúc nào cũng minh bạch và có nghi ngờ về việc liệu dữ liệu có thực sự được loại bỏ hoàn toàn hay không. Cuối cùng, cũng có lo lắng rằng thông tin cá nhân được thu thập trong quá trình sử dụng công cụ có thể được các nhà cung cấp sử dụng cho mục đích khác hoặc chia sẻ cho bên thứ ba.

Công cụ chuyển đổi từ PDF sang PDFA đáp ứng những mối quan tâm về bảo mật thông qua việc triển khai các biện pháp an ninh nghiêm ngặt. Nó sử dụng một kết nối an toàn (HTTPS) để tải lên và tải xuống tệp, ngăn chặn bất kỳ truy cập bên ngoài nào đến các tệp. Sau khi quy trình chuyển đổi hoàn tất, tất cả các tệp đã tải lên sẽ tự động và không thể phục hồi bị xóa khỏi máy chủ. Những thao tác xóa này được xác định rõ ràng và minh bạch, đồng thời đưa ra sự chắc chắn cho người dùng rằng không có dữ liệu nào bị để lại. Hơn nữa, công cụ không thu thập dữ liệu cá nhân của người dùng trong quá trình sử dụng và không chia sẻ thông tin cho bên thứ ba. Do đó, việc sử dụng an toàn, đáng tin cậy và riêng tư được đảm bảo.