Ang problemang tinutukoy ay nauugnay sa mga alalahanin sa privacy na nagmumula sa paggamit ng mga online tool para sa pag-convert ng PDF files sa PDFA format. Lalo itong naging sensitibo kapag kailangang i-upload at i-convert ang mga sensitibong dokumento, dahil pansamantalang naka-imbak ang mga ito sa isang external na server. Mayroong panganib na maaring magkaroon ng access ang mga di awtorisadong tao sa mga file na iyon. Dagdag pa, ang mga proseso ng pagbura ng data pagkatapos mag-convert ay hindi parati transparent at may kawalang-katiyakan kung talagang natanggal ang lahat ng data. Sa wakas, mayroon ding pangamba na ang personal na data na naipon habang ginagamit ang tool ay maaaring gamitin ng mga provider para sa ibang mga layunin o maaaring ibahagi sa iba.

Ang tool sa pagkonbert ng PDF sa PDFA ay sumasagot sa mga alalahanin sa privacy sa pamamagitan ng implementasyon ng mahigpit na mga hakbang sa seguridad. Ginagamit nito ang isang ligtas na koneksyon (HTTPS) para sa pag-upload at pag-download ng file, na nagpipigil sa anumang panlabas na access sa mga file. Matapos matapos ang proseso ng pagkonbert, awtomatiko at tuluyan nang binubura mula sa server ang lahat ng na-upload na mga file. Ang mga pamamaraan ng pagbubura na ito ay malinaw na itinakda at transparente, na nagbibigay sa mga gumagamit ng katiyakan na walang data ang natitira. Bukod pa dito, hindi nagkukuha ang tool ng anumang personal na data ng mga gumagamit habang ginagamit ito at hindi nagbibigay ng anumang impormasyon sa mga third party. Sa wakas, tinitiyak nito ang isang ligtas, mapagkakatiwalaang, at pribadong paggamit.