Το ζήτημα αφορά τις ανησυχίες για την προστασία των δεδομένων, που προκύπτουν από τη χρήση διαδικτυακών εργαλείων για τη μετατροπή αρχείων PDF στη μορφή PDFA. Η κατάσταση γίνεται ιδιαίτερα ευαίσθητη όταν πρέπει να ανεβαίνουν και να μετατρέπονται εμπιστευτικά έγγραφα, καθώς αυτά αποθηκεύονται προσωρινά σε εξωτερικό διακομιστή. Υπάρχει κίνδυνος άτομα που δεν είναι εξουσιοδοτημένα να έχουν πρόσβαση σε αυτά τα αρχεία. Επιπλέον, οι διαδικασίες διαγραφής δεδομένων μετά τη μετατροπή δεν είναι πάντα διαφανείς και υπάρχει αβεβαιότητα για το αν τα δεδομένα αφαιρούνται πραγματικά εντελώς. Τέλος, υπάρχει επίσης η ανησυχία ότι προσωπικά δεδομένα, που συλλέγονται κατά τη χρήση του εργαλείου, θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν από τους παρόχους για άλλους σκοπούς ή να διαβιβαστούν.

Το εργαλείο μετατροπής PDF σε PDFA αντιμετωπίζει αυτές τις ανησυχίες για την προστασία των δεδομένων μέσω της υλοποίησης αυστηρών μέτρων ασφαλείας. Χρησιμοποιεί μια ασφαλή σύνδεση (HTTPS) για το ανέβασμα αρχείων και την λήψη τους, αποτρέποντας οποιαδήποτε εξωτερική πρόσβαση στα αρχεία. Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας μετατροπής, όλα τα ανεβασμένα αρχεία διαγράφονται αυτόματα και αμετάκλητα από τον server. Οι διαγραφές αυτές είναι καθαρά καθορισμένες και διαφανείς, δίνοντας στους χρήστες τη βεβαιότητα ότι δεν μένουν πίσω δεδομένα. Επιπλέον, το εργαλείο δεν συλλέγει προσωπικά δεδομένα των χρηστών κατά τη χρήση του και δεν μεταβιβάζει πληροφορίες σε τρίτους. Έτσι, εξασφαλίζεται μια ασφαλής, αξιόπιστη και ιδιωτική χρήση.