Probleminis klausimas susijęs su duomenų apsaugos rūpesčiais, kylantys iš internetinių PDF failų konvertavimo į PDFA formatą įrankių naudojimo. Ypač sudėtinga tampa, kai reikia įkelti ir konvertuoti konfidencialius dokumentus, nes jie laikinai saugomi išoriniame serveryje. Kyla rizika, kad neautorizuoti asmenys gali gauti prieigą prie šių failų. Be to, duomenų šalinimo procesai po konvertavimo ne visada yra skaidrūs ir yra neapibrėžtumo, ar duomenys iš tikrųjų yra visiškai pašalinami. Galiausiai kyla rūpestis, kad asmeniniai duomenys, surinkti naudojant įrankį, gali būti panaudoti kitais tikslais arba perduoti tiekėjams.

PDF į PDFA konvertavimo įrankis sprendžia šias duomenų saugos problemas įgyvendindamas griežtas saugumo priemones. Jis naudoja saugų ryšį (HTTPS) failų įkėlimui ir atsisiuntimui, tai neleidžia bet kokiam išoriniam prieigai prie failų. Baigus konvertavimo procesą, visi įkelti failai automatiškai ir negrįžtamai yra ištrinami iš serverio. Šios ištrynimo operacijos yra aiškiai apibrėžtos ir skaidrios, suteikdamos vartotojams pasitikėjimą, jog nieko neliks. Be to, įrankis nekaupia naudotojų asmeninių duomenų jo naudojimo metu ir neperduoda jokių informacijos trečiosioms šalims. Todėl užtikrinamas saugus, patikimas ir privatus naudojimas.