مسأله مرتبط با نگرانی‌های حفاظت از داده‌ها است که در اثر استفاده از ابزارهای آنلاین برای تبدیل فایل‌های PDF به فرمت PDFA به وجود می‌آید. این موضوع به خصوص زمانی حساس می‌شود که باید اسناد محرمانه بارگذاری و تبدیل شوند، زیرا این فایل‌ها موقتاً بر روی یک سرور خارجی ذخیره می‌شوند. این خطر وجود دارد که اشخاص غیرمجاز به این فایل‌ها دسترسی پیدا کنند. از طرفی، فرایندهای حذف داده‌ها بعد از تبدیل، همیشه شفاف نیستند و اطمینانی وجود ندارد که آیا داده‌ها واقعاً بطور کامل حذف شده‌اند یا خیر. در نهایت، نگرانی وجود دارد که داده‌های شخصی که در حین استفاده از ابزار جمع‌ آوری می‌شوند، توسط ارائه دهندگان برای اهداف دیگر استفاده یا افشا شوند.

ابزار تبدیل PDF به PDFA ، این نگرانی‌های مربوط به حفظ حریم خصوصی را با اجرای مقررات امنیتی سختگیرانه رفع می‌کند. این ابزار از یک ارتباط امن (HTTPS) برای بارگذاری و دانلود فایل استفاده می‌کند، که هرگونه دسترسی خارجی به فایل‌ها را ممنوع می‌کند. پس از اتمام فرآیند تبدیل، تمام فایل‌های بارگذاری شده به طور خودکار و قطعی از سرور حذف می‌شوند. این عملیات حذف به طور شفاف و مشخصی انجام می‌شود که به کاربران اطمینان می‌دهد هیچ داده‌ای باقی نمی‌ماند. علاوه بر این، این ابزار هیچ داده شخصی کاربران را در طول استفاده از آن جمع‌آوری نمی‌کند و هیچ اطلاعاتی را به سومین طرف انتقال نمی‌دهد. بنابراین، استفاده‌ی امن، معتبر و خصوصی تضمین می‌شود.