ปัญหาที่กำหนดนี้เกี่ยวข้องกับความเป็นส่วนตัวที่เกิดขึ้นจากการใช้เครื่องมือออนไลน์ในการแปลงไฟล์ PDF เป็นรูปแบบ PDFA โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อต้องอัปโหลดและแปลงเอกสารที่ละเอียดอ่อนนั้นยิ่งทำให้เรื่องยิ่งระบำ ซึ่งไฟล์เหล่านี้จะถูกจัดเก็บชั่วคราวบนเซิร์ฟเวอร์ภายนอก มีความเสี่ยงที่บุคคลที่ไม่มีสิทธิ์จะสามารถเข้าถึงไฟล์เหล่านี้ นอกจากนี้แล้วขั้นตอนการลบข้อมูลหลังจากแปลงข้อมูลก็ไม่ได้โปร่งใสเสมอ และยังมีความไม่แน่นอนว่าข้อมูลจะถูกลบออกอย่างสมบูรณ์หรือไม่ สุดท้ายคือความกังวลว่าข้อมูลส่วนบุคคลที่ถูกสะสมในระหว่างการใช้เครื่องมือนี้อาจถูกนำมาใช้สำหรับวัตถุประสงค์อื่นๆ หรือถูกส่งต่อโดยผู้ให้บริการ

เครื่องมือแปลงรูปแบบไฟล์ PDF เป็น PDFA ได้ตอบสนองต่อปัญหาเรื่องความเป็นส่วนตัวผ่านการใช้มาตรการความปลอดภัยที่เข้มงวด โดยใช้การเชื่อมต่อที่ปลอดภัย (HTTPS) สำหรับการอัพโหลดและดาวน์โหลดไฟล์ ซึ่งสามารถป้องกันการเข้าถึงไฟล์จากภายนอกได้ หลังจากที่กระบวนการแปลงรูปแบบเสร็จสิ้น ไฟล์ที่อัพโหลดทั้งหมดจะถูกลบอัตโนมัติและไม่สามารถกู้คืนได้จากเซิร์ฟเวอร์ การลบนี้ถูกกำหนดอย่างชัดเจนและโปร่งใส ซึ่งทำให้ผู้ใช้มั่นใจว่าไม่มีข้อมูลที่ถูกทิ้งไว้ในแอปพลิเคชั่น อีกทั้งเครื่องมือนี้ไม่เก็บข้อมูลส่วนบุคคลของผู้ใช้ระหว่างการใช้งานและไม่มีการส่งข้อมูลใด ๆ ไปยังบุคคลที่สาม ดังนั้นการใช้งานเป็นที่ส่วนตัว ด้วยความมั่นคงและน่าเชื่อถือจึงได้รับการรับรอง