Problemstillingen vedrører bekymringer om databeskyttelse, der opstår fra brugen af online-værktøjer til konvertering af PDF-filer til PDFA-formatet. Det bliver især følsomt, når fortrolige dokumenter skal uploades og konverteres, da disse midlertidigt gemmes på en ekstern server. Der er en risiko for, at uautoriserede tredjeparter kan få adgang til disse filer. Desuden er processerne for datasletning efter konvertering ikke altid transparente, og der er usikkerhed om, hvorvidt dataene virkelig fjernes fuldstændigt. Endelig er der også bekymring for, at personlige data, der indsamles under brugen af værktøjet, kunne blive brugt af udbyderne til andre formål eller videregivet.

PDF til PDFA-konverteringsværktøjet adresserer disse databeskyttelsesbekymringer gennem implementering af strenge sikkerhedsforanstaltninger. Det bruger en sikker forbindelse (HTTPS) til fil-upload og download, hvilket forhindrer enhver ekstern adgang til filerne. Efter konverteringsprocessen er alle uploadede filer automatisk og uigenkaldeligt slettet fra serveren. Disse sletteoperationer er klart definerede og transparente, hvilket giver brugerne vished om, at ingen data bliver tilbage. Desuden indsamler værktøjet ingen personlige brugerdata under brugen og videregiver ikke oplysninger til tredjepart. Dette sikrer en sikker, pålidelig og privat brug.