Problematica se odnosi na brige o zaštiti podataka koje proizlaze iz korištenja online alata za konverziju PDF datoteka u PDFA format. Posebno osjetljivo postaje kada se moraju učitavati i konvertirati povjerljivi dokumenti, budući da se oni privremeno pohranjuju na vanjskom poslužitelju. Postoji rizik da neovlaštene treće strane mogu dobiti pristup tim datotekama. Osim toga, procesi brisanja podataka nakon konverzije nisu uvijek transparentni i postoji nesigurnost da li su podaci stvarno u potpunosti uklonjeni. Naposljetku, postoji i zabrinutost da bi osobni podaci prikupljeni tijekom korištenja alata mogli biti iskorišteni ili preneseni od strane pružatelja za druge svrhe.

Alat za konvertiranje PDF-a u PDFA rješava ove brige o privatnosti implementirajući stroge sigurnosne mjere. Koristi sigurnu vezu (HTTPS) za prenošenje i preuzimanje datoteka, što sprječava bilo kakav vanjski pristup datotekama. Nakon završetka procesa konvertiranja, sve je poslane datoteke automatski i nepovratno izbrisano s poslužitelja. Ti postupci brisanja su jasno definirani i transparentni, što korisnicima pruža sigurnost da nema ostavljenih podataka. Osim toga, alat ne prikuplja osobne podatke korisnika tijekom njegove upotrebe i ne dijeli informacije s trećim stranama. Tako je osigurana sigurna, pouzdana i privatna upotreba.